擁有4個國家重點實驗室、1個國防重點實驗室、6個國家工程（技術）研究中心、1個國家工程實驗室及一批省部級研究基地。
國家級科研機構21個
　　國家實驗室1個
　　武漢光電國家實驗室(依托單位是華中科技大學，三個組建單位：武漢郵電科學研究院、中國科學院武漢物理與數學研究所、中國船舶重工集團公司第七一七研究所）
　　國家重大科技基礎設施1個
　　脈沖強磁場實驗裝置——國家脈沖強磁場科學中心（籌）
　　國家重點實驗室5個
　　激光技術國家重點實驗室、煤燃燒國家重點實驗室、材料成形與模具技術國家重點實驗室、數字制造與裝備技術國家重點實驗室、強電磁工程與新技術國家重點實驗室
　　國家專業實驗室2個
　　新型電機國家專業實驗室、外存儲系統國家專業實驗室
　　國防重點實驗室1個 多譜信息處理國防重點實驗室
　　國家工程（技術）研究中心7個（其一為參與組建）
　　激光加工國家工程研究中心、國家數控系統工程技術研究中心、制造裝備數字化國家工程研究中心、國家企業信息化（CAD）應用支撐軟件工程技術研究中心（武漢）、國家安全防偽工程技術研究中心、國家納米藥物工程技術研究中心、北京生物芯片國家工程研究中心（組建方之一）
　　國家工程實驗室1個
　　下一代互聯網接入系統國家工程實驗室
省部級科研機構共62個
　　教育部重點實驗室13個
　　智能制造技術、圖像信息處理與智能控制、信息存儲系統、生物醫學光子學、基本物理量測量、器官移植、環境與健康、聚變與電磁新技術、服務計算技術與系統、分子生物物理、神經系統重大疾病、生物靶向治療、腫瘤侵襲轉移等教育部重點實驗室
　　其他部委重點實驗室8個
　　給排水建設部重點實驗室、衛生部器官移植重點實驗室、衛生部呼吸系統疾病重點實驗室、國家環境保護環境與健康重點實驗室（武漢）、病理生理中醫藥科研國家三級實驗室、骨代謝中醫藥科研國家三級實驗室、針灸神經生物學中醫藥科研國家三級實驗室、中藥藥理中醫藥科研國家三級實驗室
　　教育部工程研究中心5個
　　敏感陶瓷、數據存儲系統與技術、電力安全與高效利用、新型電機與特種電磁裝備等教育部工程研究中心 、能源動力裝置節能減排教育部工程研究中心
　　教育部研究中心2個
　　教育部制造技術國際標準研究中心、磁約束核聚變教育部研究中心
　　教育部網上合作研究中心3個
　　機械設計與制造、生物醫學光子學、煤燃燒等教育部網上合作研究中心
　　部級研究中心（所）2個
　　華工自動控制研究所、計劃生育研究所
　　湖北省重點實驗室16個
　　引力與量子物理、集群與網格計算、智能互聯網技術、數字流域科學與技術、腫瘤侵襲轉移、電力安全與高效、生物信息與分子成像、神經系統重大疾病、生物靶向治療、生物無機化學與藥物、材料化學與服役失效、分子影像、控制結構、天然藥物化學與資源評價、船舶和海洋水動力學、工程結構分析與安全評定等湖北省重點實驗室
　　湖北省工程技術研究中心4個
　　先進成形技術與裝備、數據庫、納米藥物、電子制造裝備等湖北省工程技術研究中心
　　湖北省科技基礎條件平臺1個
　　湖北省光電測試技術服務中心
　　湖北省普通高校人文社社會科學重點研究基地6個
　　院校發展研究中心、現代信息管理研究中心、現代經濟學研究中心、媒介技術與傳播發展研究中心、區域高等教育發展研究中心、非傳統安全研究中心