首都醫科大學原名北京第二醫學院，創建于1960年9月12日。

1985年8月22日更名為首都醫學院。

1986年8月27日,確定首醫為市屬重點院校。

1994年2月5日經教育部批準,更名為首都醫科大學。

2000年9月12日,首都醫科大學創院40周年。