重點學科是高校在培養高素質創新人才和開展高水平科學研究中具有示范和帶頭作用的學科，是衡量一所高校辦學水平和特色的重要標志。
在2001年國家重點學科評審中，首都醫科大學的外科學（神外）、眼科學和耳鼻咽喉科學3個學科被評為國家重點學科。2007年教育部對2001年獲批的國家重點學科進行考核評估，并開展了新增國家重點學科的評選工作。首都醫科大學上述3個學科均以優秀成績通過考核評估，同時，神經生物學、內科學（呼吸系病）、內科學（心血管病）、神經病學和兒科學5個學科增補為國家重點學科，內科學（消化系病）和影像醫學與核醫學2個學科增補為國家重點（培育）學科。至此，首都醫科大學擁有8個國家重點學科，2個國家重點（培育）學科。
2002年北京市教委首次開展北京市重點學科評審工作，首都醫科大學的神經生物學等7個學科被評為北京市重點學科，生理學等8個學科被評為北京市重點建設學科。2007年北京市教委對原北京市重點學科進行了驗收，并開展新增北京市重點學科的評選。首都醫科大學原有的15個北京市級重點學科均順利通過驗收，同時，18個學科被增補為北京市級重點（建設）學科。至此，首都醫科大學擁有1個交叉學科北京市重點學科，2個一級學科北京市重點學科，7個二級學科北京市重點學科，2個一級學科北京市重點建設學科和12個二級學科北京市重點建設學科，涉及醫學、理學、工學、教育學、法學、管理學六個門類。