國家重點學科：外科學(神外)、眼科學、耳鼻咽喉科學、神經生物學、內科學(呼吸系病)、內科學(心血管病)、神經病學、兒科學。
國家重點(培育)學科：內科學(消化系病)、影像醫學與核醫學。
中國中醫藥管理局重點學科：中西醫結合、中醫眼科學、中醫心病學、中醫脾胃學、中醫腫瘤學、中醫皮膚病學、針灸學、中醫傳染病學(培育)、中醫瘡瘍病學、中醫急癥學、臨床中醫學、中醫絡病學(培育)、中醫傳染病學(培育)、中醫神志病學(培育)
交叉學科北京市重點學科：全科醫學
一級學科北京市重點學科：臨床醫學，生物醫學工程，基礎醫學，生物學
二級學科北京市重點學科：流行病與衛生統計學，口腔臨床醫學，口腔基礎醫學，藥物化學，藥理學，社會醫學與衛生事業管理
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一級學科北京市重點建設學科：公共衛生與預防醫學，中醫學。
二級學科北京市重點建設學科：思想政治教育，應用心理學，中西醫結合基礎，中西醫結合臨床，藥劑學，藥物分析學。
國家級特色專業：臨床醫學、口腔醫學、護理學、生物醫學工程、預防醫學、藥學、中醫學。
北京市級特色專業:臨床醫學、口腔醫學、護理學、生物醫學工程、預防醫學、藥學、中醫學、康復治療學、衛生事業管理學、假肢矯形工程。
